Aus der Geschichte
Bereits im Jahre 1328 verfügte der damalige Bischof Friedrich von Augsburg, dass der Pfarrer von Waltenhofen in der „Tochterkirche von Niederhofen“ regelmäßig den Gottesdienst zu halten habe. Waltenhofen war damals die Mutter- bzw. Stammkirche und bis 1464 wurden die Niederhofener von der Pfarrei Waltenhofen mitbetreut. Es muss also bereits 1328 ein Gotteshaus in Niederhofen existiert haben.
Eine neue Kirche wurde im Jahre 1463 eingeweiht und es ist davon auszugehen, dass diese Kirche bis zum Bau der heutigen Barockkirche bestanden hat. Der Neubau der barocken Kirche St. Michael wurde im Jahre 1701 begonnen und dauerte bis 1716. Pfarrer Curatus Magister Philos. Johann Essendirr von Lengenfeld war die treibende Kraft für den Kirchenneubau in Niederhofen. Baumeister war Josef Müller aus Rettenbach. Am 22. September 1716 wurde die Kirche von Weihbischof Franz von Guttenberg und Pfarrer Johann Essendirr eingeweiht.
Der Bau wurde über all die Jahre von akutem Geldmangel begleitet. Der Kalkulationspreis war 3500 Gulden, der Angebotspreis des Baumeisters war 2700 Gulden. Bis Ende 1711 waren bereits über 8000 Gulden ausgegeben und die Kirche war bei weitem nicht fertig. Der Endpreis lässt sich nicht mehr genau feststellen.
Die Kirche war noch nicht fertiggestellt, da fielen auch schon Reparaturen an. Der Turm war übrigens von Anfang an schief, er hing um einen Schuh (ca.30 cm) nach NO. So wurde die Kirche mehrfach renoviert. Glockengestühl und Dächer erforderten Reparaturen und eine umfassende Restaurierung fand im Jahr 1862 statt. Beide Seitenaltäre wurden dabei neu gestaltet. Im Jahre 1902 kam es durch Rissbildungen zur Generalsanierung. Dabei wurden auch die verspielten Rokoko-Zierrate und andere Schnörkel zurückgebaut. Verantwortlich für die Restaurierung zeichnete Julius Fischer. Die Kosten beliefen sich auf 13.137,98 M (Mark), die allesamt durch Spenden gedeckt werden konnten. 1909 wurde Bayerniederhofen dann zu einer eigenen Pfarrei. 1924 wurde das gesamte Dach mit Dachziegeln eingedeckt, dabei wurden leider die Dachgauben abgebrochen und durch Glasziegel ersetzt.
Nach dem Krieg, im Jahre 1947, kam es dann zur Innen- und Außenrenovierung. 1953 wurden vier neue Glocken erworben und eingeweiht. 1975 wurde erneut der Innenraum für 240.000 DM renoviert. 1998 wurde der Plan für eine weitere umfassende Innenrestaurierung gefasst, es wurden entsprechende Untersuchungen durchgeführt und der Arbeitsaufwand mit ca. 1750 Std. und 300 Std. für Stukkateurarbeiten geschätzt.
Schon länger bereitete ein Riss in der Decke Sorgen und ein Gutachten brachte ein niederschmetterndes Ergebnis: die Kirche wurde am 21. April 1999 vom Landratsamt wegen Baufälligkeit gesperrt. Nach Einbau eines Gerüstes, das die Deckengewölbe abstützte, begann eine umfangreiche Sanierung. Die Kosten wurden auf 1.400.000 DM geschätzt.
Die Kirche wurde von 1999 bis 2001 von Grund auf saniert, kein Zentimeter blieb dabei unberührt. Orgel und Beleuchtung, Heizung, Fenster und Fassade wurden restauriert und teilweise erneuert. Es wurden 4,5 t Stahl in die Gewölbe eingebaut und 20 m3 Bauholz verarbeitet. Aufgrund der Kosten wurden die Arbeiten großteils von freiwilligen Helfern ehrenamtlich durchgeführt. Allein 477.000 DM gingen an Spenden und 432.000 DM an Zuschüssen ein.
Die Pfarrkirche St. Michael hat seit 1993, nachdem Pfarrer G. Keller verstarb, keinen ortsansässigen Seelsorger mehr, sondern wurde von der Pfarrei Trauchgau aus betreut. Seit September 2010 gehört sie zur Pfarreiengemeinschaft am Forggensee.
Eine absolute Rarität der Kirche ist die Weihnachtskrippe von Sebastian Osterrieder, die 1917 von Pfarrer S. Kümmerle angeschafft wurde. Die Krippe wird seit Jahren durch Spendengelder restauriert, jede einzelne Figur repariert und neu aufgebaut.